労働基準監督署の調査は、悪質なケースを除いては、処罰することが目的ではなく、将来に向かって、法律を守ってもらうということが重視されるので、真摯に対応するのが一番です。

残業の調査は、次のようなことが調べられることが多いです。

　・出退勤記録と賃金計算（賃金台帳）があっているか。

　・賃金台帳の内容は法律を満たしているか（深夜、休日、時間外労働時間などの記載）

　・出退勤の記録と実際の労働時間があっているか

　・時給計算は1分単位で計算されているか（月ごとで30分未満切り捨てはＯＫ）

　・36協定の範囲内の時間外労働に収まっているか

　・残業単価の算出は正しいか

一般的な調査は、会社が提出した書類だけを確認することになります。

場合によっては、従業員へのヒアリングやタイムカードなどと社内システムやPCのログイン記録などが調べられることもあります。

◆労働基準監督官の調査の注意点

・冷静に話し合う。監督官は常に労働者の味方であるとは限りません。
　法違反を是正することが目的ですので、労働者がおかしなことを言っていると判断するこ
　ともあります。真摯に向き合って、話し合うことが重要です。

・嘘をつかない。記録の改ざんをしない。
　悪質と判断された場合は徹底的に調べられ、書類送検される可能性もあります。

結果として、○時間分の時間外手当を○月○日までに支払いなさい（※）とか、賃金を再計算し、不足分を支払いなさいという是正勧告が出ることもあります。

是正勧告が出た場合は、必ず○月○日までに改善しなさいという期日が決められます。

どう改善したかは是正報告書という書類で、期日までに労働基準監督署に報告することになります。

※未払い賃金の支払い命令

労働基準監督官が会社に対して、残業代や未払い賃金の「支払い命令」をすることは、本来はできません。労働基準監督官が、労働基準法上、使用者に対して、同法に違反して支払われていない賃金の支払いをするよう勧告はできるが、支払いを命ずる権限はありません（「労働基準監督機関の役割」に関する質問主意書　平成22年10月29日　村田吉隆衆議院議員）。

債務不履行の未払賃金の額を確定できるのは、当事者の合意か裁判所だけです。

労働者が持っている労働時間の証拠と会社の労働時間の記録が異なる場合は、「会社と労働者の当事者で話し合い、金額を確定させます。」という話を監督官にすることも多いです。